Los conejos no necesitan ser bañados con frecuencia como a los perros. Gracias a sus continuas sesiones de lametazos y acicalado, se mantienen siempre limpios y sin olores. 
Si lo que deseas es limpiarle la zona del ano, venden unas toallitas húmedas como las de los bebés que te ahorrarán el martirio de bañarle, martirio para ti y para él.
Es fundamental que sepas que tu conejo se acicala lamiéndose a sí mismo a diario, tal y como hacen los gatos. Debido a esta conducta tan natural en ellos, tragan gran cantidad de pelo que puede multiplicarse durante la época de muda. Por este motivo es vital que la dieta del conejo sea alta en fibra, para prevenir la aparición de bolas de pelo en su estómago que puedan obstruirlo.

A los conejos también hay que limpiarlos pero  hay que hacerlo NO muy a menudo ya que no les gusta y podrían resfiarse si lo quiere hacer le recomiendo utilizar un champó en seco específico y especial para conejos enanos ya que cuidadará mejor de su pelaje.
NO ES RECOMENDABLE BAÑARLOS. 

Si es necesario bañarlo, (Una vez cada 2 ó meses/ SI SE ENCUENTRA DEMACIADO SUCIO)

Primero debemos observar la posibilidad de darle con una toalla húmeda, para eliminar esa suciedad que queremos quitar. El problema del baño, es que el conejo tiene un pelo difícil de secar, y puede coger una pulmonía si no queda seco completamente. El baño; se realizará con agua tibia y sujetando al conejo por la barriga, intentando no mojarle la cabeza ni orejas (PODRIA SER MORTAL). No debemos pretender meter al conejo entero o solo hasta el cuello bajo el agua, porque es probable que intente escapar y ponerlo todo perdido.

Nota: El conejo es un animal MUY LIMPIO por lo que no es recomendable bañarlo si no vemos nosotros que está muy sucio.
Si eres principiante...
Pruebe primero  limpiarlo con unas toallitas de bebé o un champú limpiador que existe en especie de spray, pero si ves que no se puede en la tinita (NO ducha), cuida que lo le de agua a a cabeza u orejas.Puede ser mortal.De todos modos no es recomendable hacerlo porque no les suele gustar. 

Siempre en este proceso habrá que calmar al conejo dándole caricias y con la voz. Después a la hora del secado, recomiendo el secador en invierno mas una toalla y un peine para poder secar el pelo mas rápidamente. Pero debemos de hacer una pequeña presentación al conejo del secador apagado y agarrarlo y acariciarlo para calmarlo una vez mas, y luego lo mismo pero con el secador encendido, para que relacione el secador, con las caricias y el cariño, y sea consciente de que el ruido del secador y el aire no le presentan ninguna amenaza.